養殖場用水從所處地理位置、成本及供應穩定性(防缺水)考慮，一般都是就地取材：取地面水或深井水(地下水)。地面水渾濁，細菌含量多，須采取混凝沉淀及砂濾這兩種普通凈化法，然后再加消毒法。深井水較為清潔，在使用深井水前一般都會送水樣到相關部門檢測其水質衛生情況，符合清潔飲用水標準才能供應給人和畜禽飲水(不符合飲用水標準的可作清洗欄舍、防暑降溫使用)，為確保細菌含量不超標，四季飲水安全，也建議深井水作消毒處理后才飲用。具體的混凝沉淀、砂濾、消毒法簡介如下：
一，混凝沉淀法。此法是當水中較細的懸浮物及膠質微粒，不能借助重力逐漸下沉而使水澄清，需要加入明礬、硫酸鋁、硫酸亞鐵等混凝劑，才能使此些物質沉淀，從而達到水質凈化的一種方法。
二，砂濾法。此法是利用阻隔、沉淀和吸附作用這些基本原理，使渾濁的水通過砂層，將其中的懸浮物、大部分微生物等阻隔在砂層上部，從而使水質凈化的方法。
三，消毒法。如是地面水，經過混凝沉淀、砂濾處理后，細菌雖已大大減少，但為確保飲水安全，須經過消毒殺菌處理。常用的是加入漂白粉的氯化消毒法，紫外線照射法。如是深井水，實際大生產中，只在育雛前7天雛雞的飲水、職工飲水需要煮沸消毒處理。如疫苗接種采用飲水法時要注意不宜使用經氯化消毒法處理過的水，否則會影響免疫效果。
