目前豬場中消毒方式主要以化學消毒為主，消毒劑的使用要適度，不宜過多、頻繁地進行消毒。消毒過度不僅會破壞環境中微生態群系的平衡，也不利于疾病的防控。絕大多數消毒藥具有一定的刺激性，容易對粘膜造成損傷，造成機體的防御屏障破壞，降低了抵抗力，增加了病原微生物的侵襲幾率。同時，頻繁消毒還會引起豬群的應激，影響其生產性能。保持良好的飼養環境，盡量多采用物理消毒更好。
養豬場要著重做好關口消毒和空欄消毒。出入口的消毒池是豬場和豬舍的門戶，通過消毒池的人、車輛和物品等都應消毒，阻止外界的病源體被帶人場區和舍內。周轉豬舍、出豬臺等經常有車輛、人員流動的地方也要做好消毒工作。空欄消毒對疾病防控至關重要，將同一欄舍內同群所有豬只全部轉出后，做到徹底空欄，堅持“全進全出”原則。將欄舍內糞便、垃圾、雜物、塵埃等清掃干凈后再用消毒劑消毒，消毒后欄舍地面必須干燥、空欄1周以上方可轉入新的豬群。
